秦岭主峰太白山是我国大陆东部最高峰，由山麓到山顶垂直高差达3000m，随着海拔的升高，形成明显的气候带，在各种因素的综合作用下，植被也随海拔的升高而发生相应的变化，并形成垂直分布清晰典型的植被带。
由于秦岭南北两侧坡度与水热条件的不同，植被景观的垂直分布在南北两侧有一定的差异。北坡大致在海拔550—780m是农业生态系统与森林生态系统的分界，南坡大致在1000米左右。
随着海拔高度的升高，植被垂直景观自山麓到山顶依次可划分为：落叶栎林带、桦木林带、针叶林带和高山灌丛草甸带。根据主要建群种的不同每个植被带还可以进一步划分出一些植被亚带。同样的植被景观带在南坡的分布海拔通常要比北坡高。
栓皮栎林
栓皮栎林在北坡分布于海拔1400m以下，南坡可分布至海拔1400m以上。保护区内栓皮栎群落分布的面积很小，仅在中山寺以下有成片的栓皮栎，保护区周边有残存的不成片的栓皮栎林。该群系是秦岭北坡的地带性植被，也是秦岭植被分布带的基带。
锐齿栎林
锐齿栎林在北坡分布于海拔 1150～1900m，南坡分布于海拔1400～2000m。由于其分布上限已接近年降水量最大量的海拔高度，所以其水热条件，在太白山诸群系中是最优越的。该群系外貌整齐，由于受到多次采伐，多系萌生纯林，夏季呈鲜绿色。
辽东栎林
辽东栎林主要分布于太白山北坡海拔1850～2400m间，上接红桦群系，下连锐齿栎群系，其分布范围正好处于太白山的最大降水区，但热量却有所下降，与下部的锐齿栎群系及栓皮栎群系比较，生境已趋于凉润。林冠层夏季呈浓绿色。辽东栎是太白山栎类植物中抗逆性较强的一个种群，加上它具有较强的萌生更新能力，使它成为太白山北坡的一个稳定的群系。
红桦林
红桦林分布于海拔2200～2700m的中高山地带，南坡分布于海拔1900～2600m之间，在南坡上接牛皮桦林，下连锐齿栎林，北坡下连辽东栎林。是温带落叶阔叶林带与寒温性针叶林带之间的过渡型植被，是垂直带上较稳定的群落。保护区内生长的红桦林属原始天然林，分布面积较大。群落外貌整齐，层次分明，结构简单而清晰，夏季林冠层呈深绿色，树干为红色。
牛皮桦林
牛皮桦林分布于海拔2400～3100m之间，为落叶阔叶林中分布最高的一个类型，上接巴山冷杉林，下接红桦林。由于第四纪冰缘地貌普遍发育，古石海、石河到处可见，牛皮桦林大部分就是在这些“乱石滩”上发展起来的，一般生长不良、干矮、多弯曲。南坡多与红桦、冷杉、太白红杉等混生，北坡可形成大面积纯林。
巴山冷杉林
巴山冷杉林集中分布于海拔2600m ～3200m中山区，与其上接的太白红杉林有较宽的重叠。其分布范围内的气候寒温潮湿，保护区巴山冷杉林保存完整，林相整齐，群落外貌呈墨绿色，结构清晰，长势良好。
太白红杉林
太白红杉分布于海拔2850～3350m 的中山至亚高山地段，是秦岭高山区特有树种之一。主要分布于秦岭山地，在太白山最为集中。其垂直分布的上界即为林线高度，上接亚高山灌丛，下接巴山冷杉林带。分布范围气候寒冷，风力强劲，岩石裸露。
亚高山灌丛草甸带
亚高山灌丛草甸带分布于海拔 3400～3770m 的亚高山地带。这里海拔高，气候寒冷，多雾，风力强劲，年降雨量750~800mm，砾石遍布。植物生长低矮，或呈匍匐状或密丛状，分枝多，叶子角质层厚。主要的植物群落为头花杜鹃灌丛和杯腺柳灌丛，在海拔较低处分布有绣线菊灌丛，除此，在一些地势平缓的地段有禾叶嵩草草甸和圆穗蓼草甸出现。
